他の遺伝子の働きや発現の仕方に影響を与える遺伝子。単独では目立った働きを持たないこともあるが、体の特徴や特定の病気に関わる主な遺伝子の影響を強めたり弱めたりする。たとえば、同じ病気の原因遺伝子を持っていても、修飾遺伝子の違いによって発症の有無や症状の重さが変わることもある。