| 血液系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 1 | 特発性造血障害に関する調査研究  | | |
| 2 | 血液凝固異常症に関する調査研究 | | |
| 3 | 原発性免疫不全症候群に関する調査研究 | | |
| 免疫系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 4 | 難治性血管炎に関する調査研究 | | |
| 5 | 自己免疫疾患に関する調査研究 | | |
| 6 | ベーチェット病に関する調査研究 | | |
| 内分泌系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 7 | ホルモン受容機構異常に関する調査研究 | | |
| 8 | 間脳下垂体機能障害に関する調査研究 | | |
| 9 | 副腎ホルモン産生異常に関する調査研究 | | |
| 10 | 中枢性摂食異常症に関する調査研究 | | |
| 代謝系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 11 | 原発性高脂血症に関する調査研究 | | |
| 12 | アミロイドーシスに関する調査研究 | | |
| 神経・筋疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 13 | プリオン病及び遅発性ウイルス感染症に関する調査研究 | | |
| 14 | 運動失調症の医療基盤に関する調査研究 | | |
| 15 | 神経変性疾患に関する調査研究 | | |
| 16 | 免疫性神経疾患に関する調査研究 | | |
| 17 | 正常圧水頭症の疫学・病態と治療に関する研究 | | |
| 18 | ウイリス動脈輪閉塞症の診断・治療に関する研究 | | |
| 19 | ライソゾーム病(ファブリ病含む)に関する調査研究 | | |
| 視覚系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 20 | 網膜脈絡膜・視神経萎縮症に関する調査研究 | | |
| 聴覚・平衡機能系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 21 | 前庭機能異常に関する調査研究 | | |
| 22 | 急性高度難聴に関する調査研究 | | |
| 循環器系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 23 | 特発性心筋症に関する調査研究 | | |
| 呼吸器系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 24 | びまん性肺疾患に関する調査研究 | | |
| 25 | 呼吸不全に関する調査研究 | | |
| 消化器系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 26 | 難治性炎症性腸管障害に関する調査研究 | | |
| 27 | 難治性の肝・胆道疾患に関する調査研究 | | |
| 28 | 門脈血行異常症に関する調査研究 | | |
| 29 | 難治性膵疾患に関する調査研究 | | |
| 皮膚・結合組織系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 30 | 稀少難治性皮膚疾患に関する調査研究 | | |
| 31 | 強皮症における病因解明と根治的治療法の開発 | | |
| 32 | 混合性結合組織病の病態解明と治療法の確立に関する研究 | | |
| 33 | 神経皮膚症候群に関する調査研究 | | |
| 34 | 重症多形滲出性紅斑に関する調査研究 | | |
| 骨・関節系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 35 | 脊柱靱帯骨化症に関する調査研究 | | |
| 36 | 特発性大腿骨頭壊死症の診断・治療・予防法の開発を目的とした全国学際的研究 | | |
| 腎・泌尿器系疾患 |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 37 | 進行性腎障害に関する調査研究 | | |
| スモン |
| No. | 研究班名 | 研究対象疾患 | 研究成果・最新情報など |
| 38 | スモンに関する調査研究 | | |